Чтобы выбрать падежную форму слова «документ» в сочетании «в сотне документов» или «в сотне документах», зададим последовательно падежные вопросы:

не потеряться (в чём?) в сотне;
в сотне (чего?) документов.

Правильно:

в сотне документов.