Действительно, слово «желток» произносится с безударным гласным в первом слоге:

[ж ы л т о к].

Но пишется это слово в соответствии с правилом орфографии

«Написание букв е (ё), о после шипящих в корне»

В русском языке доминирует не фонетический принцип написания, а морфологический. Сохраняется корневая морфема:

желт-ок — корень/суффикс/окончание.

Корень желт- прослеживается в родственных словах:

• желтеть
• жёлтенький
• желтизна
• пожелтеть и пр.