В этом высказывании предполагается, что мать находится в кухне, а сын играет во дворе. В таком контексте употребим предлог «из», который обозначает движение изнутри наружу:

наблюдать из окна;
выглянуть из комнаты;
выйти из школы;
достать из ящика стола
и пр. 

Предлог «в» обозначает, наоборот, движение извне внутрь чего либо:

положить в карман;
зайти в школу;
пойти в лес;
спрятать в ящик
и пр.