Если поставить ударение в слове «вода», то выясним, что голосом выделяется гласный звук окончания:

вод-а — корень/окончание.

По этой причине гласный звук, обозначенный буквой «о», подвергается редукции, то есть ослаблению его звучания и напряжённости:

вода — [в а д а]

Чтобы определить, какую гласную фонему реализует первый гласный звук в слове «вода», поставим его в сильную позицию. Для гласных звуков сильной фонетической позицией является позиция под ударением:

вода — вОды.

Первый гласный звук в слове «вода» реализует фонему [о].