Чтобы выяснить разницу между пометами «пренебр.» и «презр.», посмотрим значение прилагательных:

• пренебрежительный — высокомерный, без достаточного уважения, безразличный;
• презрительный — полностью пренебрежительный, крайне неуважительный.

Исходя из этих значений прилагательных, сделаем вывод, что помета «презр.» выражает большую степень неуважения, чем помета «пренебр.»