Действительно, в слове «что» мы пишем начальную букву «ч», а произносится оно несколько по-другому:

[ш т о]

Такое различие в орфографии и в звучании слова существует из-за сложившейся издавна орфоэпической нормы русского языка:

в словах «что», «что-нибудь», «что-либо», «кое-что» и пр. правильно произносится сочетание звуков [шт],

кроме в слове «нечто».

В слове «что» оказались рядом два глухих согласных звука, несколько похожие по способу образования:

[ч’] — смычно-щелевой;
[т] — смычный, взрывной.

В московском говоре произошло расподобление этих звуков и замена [ч’] на [ш].

Это старомосковское произношение закрепилось в орфоэпии современного русского литературного языка.

Хотя отметим, что в заимствованных словах «почта», «почтальон»  и образованной на русской почве лексеме «почтарь» произносится сочетание согласных [ч’т], как и во многих других словах, например:

• мечтать, мечтатель, мечтательница;
• чтение, чтец;
• чтить, почтить и пр.

Ответ подготовлен сайтом РЯ.